為了質(zhì)譜儀器的正常工作，必須要組成高真空系統(tǒng)的真空室。儀器使用了高性能的渦輪分子泵與前級真空泵構(gòu)成兩級真空機(jī)組以確保所需的真空。被分析樣品經(jīng)毛細(xì)管柱分離，進(jìn)入離子源。采用電子電力標(biāo)準(zhǔn)配置(EI)，產(chǎn)生正離子，在推斥、聚焦、引出電極的作用下將正離子送入四極桿系統(tǒng)。四極桿在高頻電壓與正負(fù)電壓聯(lián)合作用下形成高頻電場，在掃描電壓作用下，只有符合四極場運(yùn)動方程的離子才能通過四極桿對稱中心到達(dá)離子檢測器，再經(jīng)離子流放大器放大，產(chǎn)生質(zhì)譜信號。得到了質(zhì)譜圖，通過解釋譜圖或進(jìn)行譜庫檢索以識別未知樣品的組成。待分析樣品通過載氣（氫氣或氦氣）經(jīng)過GC色譜柱得到初步分離，從色譜柱流出的各組分經(jīng)過GC-MS接口模塊傳輸進(jìn)入MS模塊的離子源單元，在這里各組分被離子化形成離子，進(jìn)而被MS模塊中的質(zhì)量分析分析，分析獲得的數(shù)據(jù)由GC-MS平臺的數(shù)據(jù)處理模塊進(jìn)行處理、顯示，并進(jìn)行數(shù)據(jù)庫搜索和比對。整個分析過程所涉及到的流程處理順序均由GC-MS平臺的儀器控制模塊進(jìn)行控制和協(xié)調(diào)。